[6]​ Sobre este tramo maneja varias rutas de pasajeros que inician y terminan en las siguientes estaciones:[4]​[7]​.

El tramo Sur comprende la línea férrea desde Matarani hasta Puno pasando por Arequipa y Juliaca.

PeruRail también es propietaria de la antigua transbordador SS Ollanta, que fue lanzado en el Lago Titicaca en 1931.

Son dos las empresas que brindan el acceso turístico a la ciudadela de Machu Picchu.

Asimismo, PeruRail ofrece el servicio social que permite el transporte de habitantes locales.