[7] La zona fue ocupada en tiempos precolombinos por tribus neolíticas lacustres, constructoras de aldeas sobre palafitos.
En 1785, tras un traslado a un sitio cercano, se alteró o nombre para São José Penalva.
En 1858 fue establecido el distrito de Viana, del cual hizo parte Penalva.
Inicialmente, o poder municipal era ejercido por alcaldes nombrados por el gobierno del estado, conocidos como intendentes, pero en diciembre de 1947 se realizaron elecciones para prefecto.
Debido a su belleza y al ecosistema, el municipio está dentro de las áreas de protección ambiental da Baixada Maranhense, establecidas en 1991 pelo Estado do Maranhão.