Su hermano Juan de Otálora llegó a ser juez en Galicia y Valladolid.
Otro hermano, Alonso Núñez de Otálora, estudió en la Universidad de Salamanca y llegó al Consejo de Indias como su padre.
Representó por 8 meses la máxima autoridad en la nueva España, manera de virrey temporal o interino, desde la muerte del virrey Francisco García Guerra el 22 de febrero de 1612 hasta la llegada del siguiente virrey el 18 de octubre de 1612, Diego Fernández de Córdoba.
[2] El 2 de mayo de 1612 presidió un tribunal que condenó a muerte a 35 rebeldes negros.
Murió en este cargo, aunque el Consejo de la India había acordado a principios de mayo de 1618 que debía regresar a España por tres o cuatro años, si renunciara a su cargo de juez en México.