[1]​ Durante su arzobispado, Valera mostró dedicación pastoral, generosidad al compartir sus bienes con los pobres y aristócratas avergonzados.

También se decidió reabrir la universidad (Santo Tomás de Aquino), sujeta a una "reforma general".

Para llevar a cabo este propósito, se estableció un seminario conciliar bajo la supervisión del arzobispo.

Aunque la apertura de la universidad no fue inmediata, Valera inauguró un modesto seminario tan pronto como llegó a Santo Domingo.

Sin embargo, su desajuste con los cambios políticos y sociales de su tiempo lo llevó a ser visto como proespañol.