En 1988 Don Pedro vuelve a ganar la elecciones, para ese entonces Independiente pasaba por un buen momento institucional contando con casi 100.000 socios, durante esta etapa se inaugura la escuela y el jardín de infantes.
El Rojo resultaría ganador del Campeonato de Primera División 1988/89.
En 1999, Iso encabezaba una alianza política junto a Roberto Galano, Osvaldo Tortonese, Andrés Ducatenzeiler y el apoyo del empresario de medios Daniel Grinbank.
Así, Pedro Iso se convertía nuevamente en Presidente de la institución.
Esta situación ocasionaría el alejamiento momentáneo del empresario Daniel Grinbank y le generaría aún más presión a la gestión de Don Pedro.