Tras tres temporadas como profesional en las ligas secundarias de Portugal, con el FC Marco, AD Ovarense y Peñafiel, sus actuaciones llamaron la atención de los ojeadores del Boavista, donde ya había jugado cuando era juvenil.
Luego de la marcha del entrenador portugués, siguió siendo importante en la alineación inicial del equipo y participó en la Copa Intercontinental 2004, donde marcó el penalti decisivo, convirtiéndose en el último jugador en tocar el balón en la historia de la competición.
[4] Luego de su retiro como jugador, Pedro Emanuel se convirtió en el entrenador del equipo sub-17 del FC Porto[4] y en su primera temporada los llevó a obtener la liga local tras derrotar al Sporting de Lisboa.
[13] Para la temporada 2018-19, fue contratado como técnico del Al-Taawoun de la Liga Profesional Saudí.
[17] En enero de 2020, asumió como técnico del Al-Ain y firmó un contrato por 18 meses.
[22] En junio de 2023, tras haber evitado el descenso, renovó su contrato por dos años más.