En el Submarino amarillo Aitor Arregi' consiguió dos ascensos a 1ª (97-98 y 99-00), debutando en dicha categoría en el Santiago Bernabeú en la derrota 4-1 frente al Real Madrid C.F.
El fichaje de Rodolfo Arruabarrena por el Villarreal C. F. supuso su salida del club.
Una vez libre Aitor Arregi firmó en la temporada 00-01 Elche C. F. (2ª), donde consiguió la permanencia tras empatar (2-2) en un duelo directo contra la S. D. Compostela en el Martínez Valero.
[3] La temporada siguiente la inició en el conjunto franjiverde pero terminada la primera jornada se hizo público su marcha al recién ascendido Burgos C. F. (2ª), donde se retiró al terminar la temporada.
Abandonada la carrera deportiva, regresó al negocio familiar, el asador Elkano, conocido por sus pescados asados.