Realizó su tesis doctoral en 1876 en la Universidad de Estrasburgo bajo la supervisión del filósofo Ernst Laas y en 1881 completó su Habilitación con el neokantiano Hermann Cohen.

Mantuvo correspondencia con Johannes Brahms, quien le disuadió de convertirse en compositor profesional.

En La doctrina platónica de las ideas (1903) Natorp reconoce a las ideas como objeto del pensamiento puro, e indica que éste sólo puede poner funciones cognoscitivas que valgan como fundamentos de la ciencia.

«Pero el hombre no crece aislado ni tampoco tan sólo uno al lado del otro bajo condiciones próximamente iguales, sino cada uno bajo el múltiple influjo de los otros y en reacción constante sobre tal influjo.

Paralelamente a estos tres grados se dan otros en la Humanidad: economía, actividad jurídico-política y quehacer educativomoral.

Cuando la moralidad se pone a la cabeza de ellos es posible el desarrollo impulsivo del hombre.

En ella hay que promover una conciencia del orden y desarrollar los fundamentos de la cultura.

La escuela más elevada vendría a ser un Gimnasio neohumanista, en el que se proporcionara una cultura profunda, sin omitir las lenguas clásicas, principalmente el griego, unido a un estudio serio de Matemáticas y Física.

Dio sustantividad al aspecto social del hombre, pero con carácter exclusivista y demasiado radical.

Relegó la religión al dominio de lo subjetivo e intentó desarraigar su trascendencia.