Nacido en Radon,[1] vivió la mayor parte de su vida en Lezardrieux.
Le Flem estudió en la Schola Cantorum de Vincent d'Indy y Albert Roussel, para luego enseñar en el mismo lugar, donde sus alumnos Erik Satie y André Jolivet.
Para los Muertos y Los siete trozos de los niños, escritos originalmente en 1912, fueron orquestados algunos años más tarde.
Dos de los hijos del compositor murieron jóvenes, y por los muertos está dedicado a su memoria.
Paul Le Flem, con su esposa, Jeanne fueron abuelos de la actriz Marika Verde y bisabuelo de la actriz Eva Green por su hija, Jeanne, que se casó con el periodista sueco Lennart Verde.