Con ella emprendió, en 1880, un breve viaje a Suiza, como un pretexto siendo el verdadero objetivo visitar Alemania, donde conoció Núremberg y Múnich, así como Austria, en concreto Viena.

Consideró la enseñanza más como una misión que como una forma de vida y fundó la Schola Cantorum con sus propios recursos.

Su ideología monárquica le llevó a afiliarse al partido de derechas Action Française (Acción Francesa).

No obstante, se ganó el respeto de músicos totalmente opuestos a su visión musical, como Camille Saint-Saëns, Claude Debussy, Pierre Monteux, y Charles Munch.

Entre sus numerosos alumnos se encuentran Erik Satie, Bohuslav Martinů, Louis Fourestier, Albert Roussel, Isaac Albéniz, Joaquín Turina, Jesús Guridi, José María Usandizaga, Arthur Honegger, Darius Milhaud (de familia judía), Guillermo Uribe Holguín, Emiliana de Zubeldía, Alfonso Broqua, y Joseph Canteloube (que más tarde escribió una biografía de d'Indy).

Las obras más conocidas son la Symphonie Cévenole o Symphonie sur un chant montagnard français (Sinfonía sobre un canto montañés) para piano y orquesta, (1886), e Istar (1896), un poema sinfónico en forma de variaciones.