Cada una de las comunidades autónomas que formaron parte de la Corona de Aragón obtiene una representación paritaria en el nuevo órgano rector, que es de titularidad y gestión estatales, y que quedará adscrito al Ministerio de Cultura.
Las funciones del Patronato del Archivo que fue creado en el siglo XIV, con fondos documentales referentes a buena parte del área Mediterránea, fueron establecidas por el Real Decreto 1267/2006, de 8 de noviembre,aprobado por el Consejo de Ministros (BOE n.º 268 de 9 de noviembre).
La presidencia del Patronato del Archivo de la Corona de Aragón recae en la ministra de Cultura y cuenta con dos vicepresidencias; una vicepresidencia primera que será ocupada por uno de los consejeros de cultura de las cuatro comunidades autónomas, que ejercerán sus funciones por turno rotatorio anual, y una vicepresidencia segunda, que estará ocupada por el subsecretario del Ministerio de Cultura.
Por último habrá ocho vocales más de designación entre personalidades relevantes en el ámbito de la cultura y que desempeñarán sus funciones por un período de tres años a contar desde la fecha de sus respectivos nombramientos.
De estos ocho vocales, cuatro serán designados por el Ministerio de Cultura y los cuatro restantes a propuesta y razón de uno por cada Comunidad Autónoma.