Localizado en estratos del Santoniense en la formación Bajo de la Carpa, los restos originales fueron descubiertos por Oscar de Ferrariis, director del Museo de Historia Natural de la Universidad Nacional del Comahue en Neuquén entre 1984 a 1985.

Él los remitió al conocido paleontólogo José Bonaparte, quien describió la especie Patagopteryx deferrariisi en 1992.

[1]​ Patagopteryx fue originalmente considerado como un miembro primitivo de las aves ratites.

Hoy en día, si bien se sigue considerando como un ave, está aislada en una familia u orden separados dentro de los Ornithuromorpha.

El siguiente cladograma muestra la probable posición sistemática: Archaeopterygidae Jeholornis Confuciusornithidae Enantiornithes Patagopteryx Vorona Hesperornithiformes Ichthyornithiformes Neornithes (Aves actuales) Véase también Origen de las aves.