La historia de Zapallo se remonta al año 1895, cuando el 24 de julio, Chone se declaró como cantón, incluyendo en su territorio el sitio Pescadillo, que actualmente es el cantón Flavio Alfaro.

En ese momento, esta área era un importante productor de caucho, palma real y tagua.

Se encuentra ubicada en la Zona Norte, a orillas de la carretera Panamericana (que atraviesa Chone - Quito).

En la Parroquia, además del pueblo principal, hay 34 comunidades, entre ellas: La Guayabilla, El Tigre, Reyes, El Mono, Entrada de Monos, Tiwinza, Javier, Pozones, Río Javier, Agua Buena, Guineo, Los Frejoles, Hostaiza , Góngora, Pacho Arriba , Buenos Aires, Las Piedras, Estero Bajo, Zapallito, Camarones, Las Canas, Las Laja, El Cuello, Los Ángeles de la Cantera, La Cantera, Jaboncillo, El Moral, Turriaga, 10 de Agosto, Buena Vista , Palma Sola, Zapallo 2, Bellavista y Yesca.

El clima es Húmedo, acompañados con lluvias intensas en el periodo invernal y garuas durante el verano.

En Zapallo, se encuentran árboles frutales como mandarina, naranja y toronja.