Además el historiador Raúl Porras Barrenechea sostiene "y en la misma iglesia en cuyo trazado ayudó Francisco Pizarro, fue bautizada solemnemente su hija Francisca - habida en una noble indígena-, ocación en la que celebraron, en la plaza de Jauja, solemnes juegos de caña".Previamente, en 1815 se cerraron los cementerios católicos que estaban debajo de ella.Un nuevo terremoto en 1947 daña la iglesia que debe ser refaccionada en 1958 siendo culminadas todas sus construcciones en 1986 con la terminación del altar al Señor de la Justicia.[5] Se han encontrado datos de refacciones siendo el más antiguo en el año 1696 dónde existe una inscripción en la puerta que dice: "Hizose siendo cura el Reverendo Padre Lector Fray Manuel Rueda i Gobernador Lorenzo Surisac.Esto aconteció hacia 1824, según señala el escritor jaujino Edgardo Rivera Martínez.
Iglesia Matriz de Jauja - 1842 - La Iglesia con una sola torre, que al parecer debió haberse desplomado después de 1824, según
Edgardo Rivera Martínez
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