Las cualidad única del parque nacional Vatnajökull es principalmente su gran variedad de paisajes, creados por las fuerzas combinadas de los ríos, los glaciares y la actividad volcánica y geotérmica.
Posteriormente y con recientes adiciones como el cráter Lakagígar, los lagos: Langisjór, Krepputunga y Jökulsárlón (incluyendo sus alrededores) ahora cubre 14 967 km² o aproximadamente el 14% de la isla, lo que lo convierte en el segundo parque nacional más grande de Europa en términos de área después del Yugyd Va de Rusia.
El hielo glacial, que mide generalmente entre 400–600 m de espesor y como máximo 950 m, oculta una serie de montañas, valles y mesetas.
Mientras que la capa de hielo se eleva en su punto más alto a 2000 m s. n. m., la base del glaciar alcanza su punto más bajo a 300 m bajo el nivel del mar.
En ninguna parte de Islandia, con la excepción del glaciar Mýrdalsjökull, cae más precipitación o drena más agua al mar que el lado sur del Vatnajökull.