Las lenguas glaciarias derivadas hacia los márgenes oeste, norte y noreste alcanzan altitudes de 600 a 800 m s. n. m., siendo el grosor del hielo de unos 400 m en promedio y llegando incluso a los 900 m. El punto más profundo bajo el glaciar alcanza los 300 m bajo la cuenca glaciar del Skeidarajökull.
La precipitación nívea anual varía entre los 4 y los 70 dm, variando entre un mínimo de 4 m en el extremo sur y disminuyendo drásticamente hacia el norte.
En el Vatnajökull nace el río Jökulsá á Fjöllum y se origina el Breiðamerkurjökull, otro glaciar de menores proporciones.
El rift volcánico de Islandia discurre desde el suroeste al noreste del país, aunque la mayor actividad geológica se encuentra justamente en la región donde se asienta el Vatnajökull.
Vatnajökull ha experimentado un continuo retroceso, posiblemente debido al calentamiento global y a la reciente actividad volcánica en el área.