[1]​ El área protegida está formada principalmente por grandes elevaciones que guardan en su interior sistemas lacustres a manera de enormes cajas interconectadas.

[1]​ La estructura geográfica del parque presenta una topografía irregular, con múltiples elevaciones montañosas, pendientes pronunciadas, lagos glaciares y pequeños valles en forma de «U».

Existen dos clases de drenaje, el paralelo y el radial; el drenaje paralelo está influenciado por las fallas provenientes de la antigua actividad volcánica en la zona austral del país; estas fallas producen rasgos fisiograficos más rugosos al sur del río Cañar que los rasgos más extensos encontrados al norte del río Cañar.

[1]​ El PNC está ubicado al occidente de la hoya Cuenca-Azogues, donde se evidencia los efectos del modelamiento glaciar en el Pleistoceno.

El Cajas es una formación pleistocénica cuyos depósitos glaciáricos más antiguos se hallan a unos 2 600 m s. n. m.[1]​ La temperatura promedio de la zona están en los 8 °C durante la noche y de 12 °C a 18 °C durante el día, esto en verano que son los meses agosto y enero.

Las formaciones vegetales presentes en el parque son: bosque de neblina montano alto, bosque siempre verde montano alto, y páramo herbáceo,[5]​ en el cual se establece la zona de paso y turística.

Las especies más representativa del Cajas se encuentra agrupada en bosques que incluyen árboles y arbustos de regular tamaño.

[4]​ El parque nacional Cajas tiene 152 especies de aves, entre estas están: halcón, azulejo, cóndor, pituyo pajonal, curiquinga, chaupau, chirote, gavilán, entre otras.

Las aves más importantes son el caracara, el cóndor, el tucán andino, patos y colibríes.

Laguna de Lagartococha: En sus orillas es posible acampar y el lugar es muy concurrido para la pesca deportiva.

El tramo remanente iniciaba en Tomebamba (la actual Cuenca) y culminaba en los paredones de Molleturo, ya fuera del área protegida.

Laguna Taitachungo (Mamamag): Partiendo de la Toreadora hay algunos senderos que conducen a ella.

Luego los incas conquistaron la región y establecieron como ciudad real a Tomebamba en donde hoy está Cuenca.El Camino del Inca cruzaba el parque, en la actualidad se pueden ver restos de la vía que unía Tomebamba con el Tambo de Paredones (Molleturo), en la ruta estratégica entre las tierras altas y la Costa.

Siguiendo el camino en dirección a Molleturo, en el sector norte del Cajas, este se serpentea entre varias lagunas mayores y menores.

[2]​ Cabe resaltar que la parte atravesada por la vía Cuenca-Molleturo es el borde nororiental del parque; la extensión del parque se distribuye hace el sur y oeste de la zona y el acceso a puntos más profundos es difícil y poco recomendable debido a los complejos sistemas vegetativos que cubren el área.