Cuando, tras el nuevo fracaso en Buenos Aires, los ingleses abandonaron también Montevideo, se embarcó hacia Río de Janeiro.

Viajó a Buenos Aires como jefe de una comisión exploradora minera enviada por la compañía británica "La Potosí, La Paz and Peruvian Mining Association".

El gobierno local lo consideró responsable del accidente y se inició una investigación para procesarlo.

Pero en ese momento estaba avanzando el federalismo en Córdoba, lo que le dio la oportunidad de retirarse a Buenos Aires.

San Martín lo nombró cirujano jefe del Ejército de los Andes, y también ejerció como su médico personal.

Se embarcó en la Expedición Libertadora del Perú como médico jefe y como edecán de San Martín.

Tras la toma de Lima y la Declaración de Independencia del Perú, fue enviado junto a Juan García del Río en misión diplomática a Chile, Buenos Aires y Europa, para gestionar el reconocimiento de esa independencia, y posiblemente conseguir un rey para coronar en el Perú.

No obstante, Paroissien se quedó en Londres, donde recibió a San Martín en la primera etapa de su exilio y le consiguió alojamiento.