Ella pronto descubre que el NMC puede tomar forma humana y, finalmente, se encuentra con un tipo diferente de criatura, un humanoide Artificial Neomitochondrial Creature (ANMC en siglas, ‘criatura artificial neomitocondrial’) del tipo gólem conocido como N.º 9.

El gólem N.º 9 destruye la torre Acrópolis, pero Aya junto con su compañero Rupert Broderick, que ha estado en el lugar antes de que ella llegue, logran escapar en un helicóptero de la policía.

Al llegar, Aya descubre que Dryfield también está infestado de NMC.

Después de pasar algún tiempo en Dryfield, Aya y Kyle encuentran una entrada a una vivienda ubicada en una mina abandonada.

Una vez que esta batalla final se llegó a la conclusión, varias escenas de corte se muestran en función de las acciones del jugador durante el juego.

También es muy notable la variedad de armas, municiones y enemigos presentes que no se incluían en la anterior entrega, llegando a tener tres municiones distintas para armas; pistolas, escopetas, ametralladoras, rifles de asalto y lanzagranadas.

Los enemigos aparecen en varios colores siendo capaces de atacar e incluso tragarse al personaje, usar ataques psíquicos o ataques físicos como golpes o mordiscos, una estructura mucho más dinámica que Parasite Eve.

Otro detalle es su modo de replay, que ofrece armas y objetos nuevos adjuntos a la partida; la cual ofrece 4 niveles: Modo Normal: Se inicia normalmente con objetos y características especiales.

Modo Bounty: Se obtienen recompensas al matar a los gólems, hay un poco de dificultad.

En el juego se aprecian etapas, apareciendo en un centro comercial de Los Ángeles, luego en un pueblo en el desierto de Mojave, para llegar al último sitio llamado Refugio.