El manual Writing R Extensions[2] establece una estructura estándar para organizar el código fuente, los datos, la documentación y los metadatos de cada paquete, lo que permite su correcta instalación y uso a través de las herramientas integradas en R.[3] Además, los paquetes distribuidos en CRAN deben cumplir con requisitos adicionales para asegurar su usabilidad a largo plazo.
[4][3] Como señala John Chambers, aunque estas exigencias pueden ser un desafío para los desarrolladores, mejoran significativamente la experiencia de los usuarios finales, haciendo que los paquetes sean más confiables y accesibles.
Los paquetes deben cumplir con criterios rigurosos para ser aceptados en CRAN, lo que garantiza su calidad y estabilidad.
[2] Otro repositorio destacado es Bioconductor, especializado en paquetes orientados a la bioinformática y la biología computacional.
[22] El proyecto Bioconductor proporciona paquetes R para el análisis de datos genómicos.
R se distribuye con quince "paquetes base": base, compilador, conjuntos de datos, grDevices, gráficos, cuadrícula, métodos, paralelo, splines, estadísticas, stats4, tcltk, herramientas, traducciones y utilidades.
[25] Además, hay quince "paquetes recomendados" de CRAN que se incluyen con las distribuciones binarias de R: KernSmooth, MASS, Matrix, boot, class, cluster, codetools, foreign, lattice, mgcv, nlme, nnet, rpart, strategic y survival.
[25] Dentro del campo de la biología, R se ha convertido en una herramienta esencial, y existen numerosos paquetes que facilitan el análisis de datos biológicos.