Según lo describe el intelectual colombiano José Álvarez Carrero[4], sus tierras fértiles, su particular paisaje y su posición geográfica a medio camino entre la Sierra Nevada de Cocuy-Guicán y el Cañón del Chicamocha, fueron un atractivo fundamental para que en épocas precolombinas su perímetro se convirtiera en epicentro de la cultura Lache.
Este pueblo, aunque no era Muisca, sí pertenecía a la familia Chibcha dadas la cercanía de su idioma y las similitudes culturales.
Su excursión avanzó por territorio Chitarero en lo que hoy es Pamplona, avanzando de ahí hasta lo que actualmente es Chiscas, Espino, Panqueba, Cocuy y Chita, sin fundar o refundar ningún poblado.
Para 1572, no se registra el nombre del encomendero, pero la población indígena había aumentado a 333 personas.
Mediante ésta, se funda el poblado bajo los parámetros legales que disponía el ordenamiento jurídico español: Un trazado de 19 manzanas, obra emprendida por don feliciano Infante y doña Gertrudis Mora.
Tal pueblo luego alcanzó estatus de Viceparroquia y con ello, logró tener sus primeros alcaldes pedáneos a comienzos de 1800, siendo estos, don Pedro Rubriche y José María Bolívar.
Para ello, se logra en el año 1976 que se construya su colegio, obra emprendida por el entonces cura párroco José Antonio Romero Mojica, quien logra que el Departamento de Boyacá expida el 23 agosto de ese año, el Decreto 645 a través del cual se logra por fin esta institución, la cual, no obstante, solo hasta 1991 pudo ofertar hasta el último grado de la educación media.
Durante la parte final del siglo XX cabe destacar como hechos históricos importantes, la elección de su primer alcalde por voto popular en el año 1987, siendo este el señor Alfonso Estupiñán.
Igualmente, finalizando el siglo XX aunque el conflicto armado golpeó la región, Panqueba logró ser el único municipio de la zona que no sufrió tomas guerrilleras.
En el nuevo milenio el municipio ha logrado consolidarse como un remanso de paz, donde los hechos violentos por fortuna han sido excepcionales.
Como personaje ilustre nacido en Panqueba esta el Sr. Obispo Francisco Nieto Sua, actualmente en la Diócesis de Engativá.