Su topografía es irregular, con elevaciones que varían desde los 500 a 850 m s. n. m.; sin embargo, la parte central del municipio es bastante plana.
Entre las montañas merece mención la "Loma La Peña", con 854 m s. n. m. Palacagüina cuenta con una flora semi desértica compuesta por malezas, arbustos y algunos árboles como Quebracho, Chilamate y Guásimo de ternero, cuya área boscosa ha venido reduciéndose como producto del despale.
La precipitación oscila entre los 650 y 850 mm caracterizándose por una irregular distribución durante el periodo de invierno.
[2] Existen un total de 20 comunidades incluyendo el casco urbano dividido en cuatro sectores.
[2] La actividad económica predominante es la agricultura, principalmente granos básicos para autoconsumo familiar, tales como: frijol, maíz y sorgo.