Tras estudiar Historia del Arte y Literatura en Viena y en la Universidad de Graz, fue profesor en el Departamento de Historia del Arte de la Universidad de Viena y también bibliotecario en el archivo musical de Anthony van Hoboken.
Al ser judío, en 1939 emigró a Cambridge, para regresar en 1951 a su ciudad natal.
Realizó el primer catálogo completo de las obras de Franz Schubert, el Catálogo de Deutsch (en alemán: Deutsch-Verzeichnis; publicado en 1951 en inglés: Franz Schubert – Thematic Catalogue of all his works in chronological order), por lo que tras las obras de Schubert se suele indicar con un D el número de opus en este catálogo.
Una segunda edición, actualizada, se publicó en 1978 en alemán.
También es muy conocido por sus estudios sobre la vida y la obra de Wolfgang Amadeus Mozart.