[2] Publicaciones posteriores asignaron el género a Crocodylidae,[3] pero análisis más recientes lo han propuesto como un pristicámpsido o incluso un sinónimo de Pristichampsus.
[4][5] En 1999, Orthogenysuchus fue situado dentro de un nuevo clado que agruparía a los caimaninos del Mioceno Purussaurus y Mourasuchus.
Este clado es similar a la familia Nettosuchidae, la cual fue originalmente designada en 1965 para Mourasuchus y el por entonces recién descrito Nettosuchus (que más tarde sería clasificado como sinónimo del primero).
Todas las sinapomorfias inequívocas están basadas en la región nasal del cráneo donde los huesos individuales son fácilmente distinguibles.
[1] Orthogenysuchus es representante de la diversa fauna wasatchiense que existió a principios del Eoceno en Norteamérica.