La organización indígena en Colombia, que había sido desintegrada desde la época colonial, fue reconstituida entre 1910 y 1946 a partir de las acciones de resistencia lideradas en el Cauca por el líder indígena Quintín Lame y desarrolladas también en zonas con alta presencia indígena como la Sierra Nevada de Santa Marta, Huila, Caldas y Tolima.
Posteriormente se constituyeron Consejos y Ligas de Indios que pretendían reivindicar los derechos de los indígenas, estableciendo alianzas con organizaciones campesinas y obreras.
Estos pueblos buscaban darle una identidad sólida al movimiento indígena, empezando por la denuncia de la violación a sus derechos por parte del gobierno colombiano a través del periódico Unidad Indígena.
En total la ONIC ha realizado siete congresos nacionales, el último, el cual se realizó en Ibagué en el 2007, en dicho congreso la ONIC se constituyó como "Autoridad Nacional de Gobierno Indígena".
Dada que los pueblos indígenas de la zona andina monopolizaron la ONIC, Muchos pueblos empezaron a desafiliarse y crear su propia estructura organizativa Nacional, Como es el caso de la OPIAC, AICO, GOBIERNO MAYOR, CIT, entre otras que han ido surgiendo, dado que muchos pueblos no se vieron representados, clara evidencia que la multi culturalidad, los intereses personales y regionales entre los pueblos se ha fragmentado y no permite que haya unidad.