En 2006 juega por primera vez en el Campeonato Brasileño de Serie C, la tercera división nacional.

[1]​ Como el Clube Esportivo Operário Várzea-Grandense logró clasificar a la Copa de Brasil en 2003, inició participando en el torneo de copa nacional, su primera participación a nivel nacional, en donde fue eliminado en la primera ronda por el SE Palmeiras del estado de Sao Paulo perdiendo ambos partidos por 0-1 y 1-5.

[2]​ En 2004 participa por primera vez en el Campeonato Matogrossense en el que terminó en cuarto lugar, al año siguiente fue subcampeón estatal perdiendo la final 3-5 ante el Sociedade Esportiva Vila Aurora y también fueron campeones de la Copa FMF por primera vez venciendo en la final al Mixto Esporte Clube.

[3]​ El año 2006 fue redondo para el club, ya que lograron ganar el Campeonato Matogrossense por primera vez luego de vencer en la final 4-1 al Barra do Garças Futebol Clube y también jugaron por primera vez en el Campeonato Brasileño de Serie C,[4]​ la tercera división nacional superando la primera ronda como ganador de grupo, pero terminaron eliminados en la segunda ronda al finalizar en último lugar del grupo.

[7]​ En 2007 retornan a la Copa de Brasil donde es eliminado nuevamente en la primera ronda 0-5 por el SE Palmeiras del estado de Río de Janeiro,[8]​ y cuatro años después desciende del Campeonato Matogrossense y como resultado se restauró al suspendido Clube Esportivo Operário Várzea-Grandense, lo que generó problemas ya que ambos equipos estaban en la segunda división estatal y técnicamente ambos equipos eran lo mismo, iniciando una Guerra de Operarios sobre los derechos del nombre,[9]​ lo que llevó a Opérario FC a regresar todo lo que le corresponde al Clube Esportivo Operário Várzea-Grandense,[10]​ pasando a su denominación actual cuando en 2009 se pensaba fusionar a ambos equipos, pero que la idea se cayó.