Los alemanes saquearon el país en base al esfuerzo de la guerra y desataron el Holocausto judío en tierras estonias.Los hermanos del bosque estonios, alrededor de 50.000, infringieron severos daños a los soviéticos que permanecieron, de los que al menos 4.800 fueron muertos y 14.000 fueron capturados.La Wehrmacht detuvo su avance y se descolgó, dejando a los estonios que batallasen contra los soviéticos.Muchos estonios recibieron a los alemanes con los brazos relativamente abiertos y aguardaron la restauración de la independencia.Estonia estableció administraciones gubernamentales, lideradas por Jüri Uluots, tan pronto como se retiraron los soviéticos y antes de que llegaran los alemanes.[2] El entusiasmo inicial que acompañó a la liberación de la ocupación soviética, disminuyó rápidamente como resultado de esto, y los alemanes obtuvieron modestos resultados reclutando voluntarios.El 200.º Regimiento de Infantería Finés estaba formado por voluntarios estonios en Finlandia.Con la victoria aliada sobre el Eje cada vez más clara en 1944, la única opción para conseguir la independencia para Estonia era evitar una prematura invasión soviética hasta la capitulación de Alemania.Para preservar la continuidad legal de la República de Estonia, se decidió que el último primer ministro constitucional, Jüri Uluots, debía continuar para cumplir con sus responsabilidades como Primer Ministro.El 21 de junio, Jüri Uluots colocó a Otto Tief como diputado primer ministro.El gobierno clandestino estonio voló a Estocolmo, Suecia, y operó en el exilio hasta 1992, cuando Heinrich Mark, el primer ministro de la República de Estonia, por orden del presidente en el exilio,[5] presentó sus credenciales al Presidente de Estonia Lennart Meri.Los soviéticos reclutaron estonios dentro del Ejército Rojo contraviniendo la legalidad internacional tras la anexión.La llamada tuvo apoyos desde todo el país: 38.000 voluntarios acudieron a los centros de registro.El 7 de abril, el mando del Ejército Rojo ordenó dirigirse hacia la defensa.El 24 de julio, los soviéticos comenzaron un nuevo ataque en dirección a Auvere, donde fueron detenidos por el 1.º Batallón (Stubaf Paul Maitla) del 45.º Regimiento (Harald Riipalu) y los fusileros bajo el liderazgo de Hatuf Hando Ruus.Tan pronto como llegaron, el regimiento fue enviado a efectuar una contraataque contra el 3.º Frente Báltico soviético, que había protagonizado un avance en el frente de Tartu, y que amenazaba la capital, Tallin.Cerca de Tartu, el Ejército Rojo fue detenido por los grupos militares enviados desde Narva bajo el mando de Alfons Rebane y Paul Vent, y por la 5.ª SS Volunteer Sturmbrigade Wallonien liderada por Léon Degrelle.
Ofensivas alemanas sobre Europa del Este y el Báltico.
