La Aldea San Isidro y la localidad de Conscripto Bernardi, ubicadas en la parte sur del distrito Banderas del departamento Federal, aunque pertenecen al territorio de la arquidiócesis de Paraná, la parroquia San Isidro Labrador que las comprende está pastoralmente sujeta a la diócesis de Concordia.

[3]​ La curia de la diócesis tiene al vicario general de la diócesis y el canciller, ambos presbíteros, y compuesta además de los siguientes funcionarios a título profesional: ecónomo (un contador público), asesores legales (dos abogados), departamento inmobiliario (un corredor inmobiliario), una secretaria y un administrador.

Cuenta también con el Camino Pastoral Diocesano y la Comisión Judicial.

En el barrio Villa Zorraquín de la ciudad de Concordia existe un seminario diocesano menor, el Centro Vocacional Diocesano San José, a cuyo frente se halla un rector.

[4]​ En 1547 fue erigida la diócesis del Río de la Plata con sede en Asunción del Paraguay, comprendiendo teóricamente a la actual provincia de Entre Ríos.

En 1620 fue dividida la diócesis del Río de la Plata erigiendo las del Paraguay y Buenos Aires, quedando Entre Ríos en jurisdicción de esta última.

En los mapas publicados por el padre Furlong Cardiff se puede identificar un paradero denominado Ytú el cual existía, por lo menos, desde 1722 y posiblemente desde antes en el emplazamiento actual de la ciudad de Concordia.

En 1768 se trasladó a la margen occidental del río Uruguay el embarcadero de San Antonio del Salto Chico que se había erigido en la otra margen del río, emplazándose en el mismo lugar que el paradero Ytú y conservando el oratorio dedicado a San Antonio de Padua.

Entre 1778 y 1782 la zona quedó efectivamente poblada e integrada en la gobernación de las Misiones Guaraníes cuyo límite sur se estableció en el arroyo Yeruá.

En 1866 Buenos Aires fue erigida en provincia eclesiástica (arquidiócesis), pasando Paraná a ser una de sus sufragáneas.

[12]​ En 1979 se realizó la primera peregrinación diocesana a pie hasta el santuario en Federación, que se ha mantenido en agosto de cada año desde entonces congregando a miles de fieles.

Existen además 27 instituciones vinculadas a la diócesis, entre ellas un cementerio en Villa Zorraquín, la Fundación María de la Concordia y 6 emisoras de radio.