La población romana no estaba situada en la colina que se encuentra la ciudad, sino en el valle, cerca del riachuelo de Topino.

En el año 217 a. C., durante la segunda guerra púnica, se afirma que Aníbal, en su camino al mar Adriático, acampó con su ejército después de la batalla del Lago Trasimeno cerca de la población, en un lugar llamado aún hoy en día Affrica.

La población amurallada -conocida en los documentos contemporáneos como arx fortissima protegía la frontera norte del ducado de Spoleto contra los bizantinos situados en Gualdo Tadino.

En 1421 el castellano de Nocera, Pietro di Rasiglia, sospechando una relación adúltera entre su esposa y Nicolás I Trinci, invitó a la familia Trinci al completo a una cacería y los asesinó a todos excepto al joven Corrado IV Trici, quien vengó la muerte de sus parientes atacando la ciudad y matando al castellano.

En 1439, el cardenal Giovanni Vitelleschi conquistó el señorío de los Trinci y Nocera fue anexionado a los Estados Pontificios.

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