Mientras que estuvo encarcelado, se le permitió trabajar en empleos relacionados con la ingeniería.

Kozyrev era un pensador audaz, y fue respetado por prominentes científicos de su época (como Arkady Kuzmin, Vasily Moroz y Iosef Shklovsky), aunque su obra fue a menudo de una naturaleza muy dudosa.

El logro que lo hizo más conocido fue el descubrimiento de fenómenos lunares transitorios en el cráter Alphonsus.

Ya se habían registrado fenómenos lunares transitorios tiempo atrás, en lo que parecían ser emisiones temporales sobre la superficie lunar.

También hizo las primeras observaciones del espectro visible y ultravioleta de Venus.

Este trabajo influyó en posteriores teorías sobre Venus, y el Premio Nobel Harold Urey le dedicó un artículo al análisis de sus implicaciones.

Debido a sus experimentos y publicaciones (Mecánica causal/Teoría del tiempo) se convirtió en una figura polémica en la comunidad científica rusa.