El fenómeno no fue exactamente sincrónico en todas partes, ya que las subidas neopluviales del nivel de los lagos se produjeron hace entre 6.000 y 2.000 años.[5] El lago Summer se elevó por encima de su nivel actual hasta los 1.278 metros,[12] aunque no tan alto como a mediados del Holoceno.[20] La población alrededor del lago Alvord aumentó durante esta época y perduró incluso después de que el Neopluvial hubiera terminado allí.[21] El comienzo del Neopluvial tuvo lugar unos 6.000 años antes del presente, pero no se produjo en todas partes al mismo tiempo:[20] El Neopluvial es en parte correlativo al Neoglacial,[16] y podría haber sido causado por un cambio en las condiciones invernales sobre el Pacífico Norte.[24] Este enfriamiento se explica principalmente por la disminución constante de la insolación estival, aunque los patrones sincrónicos en las respuestas hidrológicas a escalas submilenarias pueden estar vinculados a cambios en la circulación atmosférica impulsados por factores como la variabilidad interna en las teleconexiones océano-atmósfera.
