En 1818, es nombrado presidente de la Academia Leopoldina, puesto que conserva hasta su muerte.
Estudió especialmente las algas de agua dulce y las setas.
Debido a su oposición al Gobierno, este le retira su puesto de profesor y su pensión.
Era hermano de Theodor Friedrich Ludwig Nees von Esenbeck (1787-1837), botánico y farmacólogo alemán.
«Christian Gottfried Daniel Nees von Esenbeck».