En la cuenca de Anáhuac ya existía actividad humana desde hace veinte siglos.
Los antiguos tlatilquenses, ubicados en el Cerro Tepalcate, fueron atraídos por la corriente del desarrollo teotihuacano.
En la época prehispánica, se constituyó originalmente como un barrio de Tlacopan (Tacuba) y sus habitantes pertenecían a la parcela otomí.
Este santuario fue posteriormente ampliado y en el año 2000 fue elevado al rango de basílica.
Porfirio Díaz inaugura la línea férrea México-Acámbaro y la estación de San Bartolo.
Varios personajes de la Revolución mexicana surgieron del territorio municipal, entre ellos Román Díaz Rosas, Arnulfo Chávez, Alfredo Basurto García, Camilo Santos, Encarnación Díaz, Ezequiel Villavicencio, Felipe Ángel Fortuño Miramón, Joaquín Bolaños Camacho, Luis Medina Barrón, Manuel Ramírez de Arellano, Manuel Villanueva, Rodolfo González Guevara y Toribio Velasco.
En 2008, fue adquirido por el Grupo Inmobiliario Danhos en una transacción que superó los 25 millones de dólares.
En febrero de 2012 comenzó la construcción del mega complejo comercial “Toreo Parque Central”.
La geografía del municipio se compone, principalmente, de colinas, laderas y cerros.
Algunas de las vialidades más importantes del municipio son: Es importante señalar que dentro del territorio comprendido de la zona popular, todas las colonias están conectadas entre sí y una misma calle o avenida puede atravesar varias colonias aledañas.
En los últimos años, se han construido nuevos fraccionamientos, como Residencial Lomas Verdes, cercano a Presa Madín.
Se compone por las localidades como San Francisco Chimalpa, Santiago Tepatlaxco y Villa Alpina.
Naucalpan está consolidado como un motor económico a nivel estatal y federal.
Desde aquella época hasta la fecha, miles de peregrinos acuden al lugar para venerarla.
Magnífica obra hidráulica de excelentes proporciones arquitectónicas del siglo XVIII.
Actualmente, sólo en las comunidades campesinas de San Francisco Chimalpa y Santiago Tepatlaxco quedan núcleos que aún pueden ser considerados como descendientes de los antiguos otomíes que poblaron toda esta región.
Las principales mercancías en ese tiempo fueron el cinabrio, la obsidiana, las piezas de jade y otros chalchihuites (piedras verdes) así como la alfarería.
Exhibe aproximadamente 250 piezas de la civilización tlatilca, primera cultura que se estableció en Naucalpan.
Entre sus piezas más famosas están: El Acróbata, La Venus de Tlatilco, y la Bailarina con Cascabeles.
El Nuevo Museo Tlatilca se inauguró el 29 de marzo del 2012 y se ubica frente al palacio municipal y está abierto al público de manera gratuita.
Consta de un monumento escultórico, cuyo corazón lo ocupa el Museo Tlatilca.
Data del posclásico y comprende una plataforma cuadrangular en donde estaba un tecpan o palacio de la nobleza.
Su planeación se inició en 1957 basándose en una las ideas del escultor Mathias Goeritz, del ingeniero mexicano Luis Barragán Morfín (único arquitecto mexicano ganador de un premio Pritzker en 1980) y del pintor Jesús Reyes Ferreira por iniciativa de Mario Pani Darqui, quien requería presentar un proyecto integral al presidente Miguel Alemán Valdés.
Actualmente su entorno visual y su integridad fueron trastocadas por el paso del Viaducto Bicentenario en uno de sus costados.
En el claustro del templo se encuentra una importante colección de ex-votos.
La zona arqueológica comprende una plataforma rectangular, donde en la época prehispánica se encontraba un tecpan o palacio de la nobleza.
Fue declarado zona arqueológica en 1992 por el Instituto Nacional de Antropología e Historia.
Alberga en su cima un basamento mexica, asociado a la adoración del dios Tláloc.
El Lienzo Charro Manuel Ávila Camacho es de los más tradicionales del país ya que la Agrupación Manuel Ávila Camacho integrada por Moisés Becerril Rosas, Horacio López Becerril, Félix Díaz, Alejandro Becerril entre otros, logró el campeonato nacional durante 4 años consecutivos de 1961 a 1964, hazaña jamás igualada por ninguna otra agrupación también y que llevó a Moisés Becerril Rosas a entrar al Salón de la Fama de la Charrería en 2009.
Se ubican las instalaciones del equipo amateur de fútbol Atlético Echegaray.