El significado del nombre Chimalpa deriva del náhuatl: Chimalli- escudo Pan- Sobre o lugar "En el Lugar de los Escudos" o "Sobre el lugar de los escudos" El pueblo de San Francisco Chimalpa tiene un origen muy antiguo, que data probablemente del siglo XII (12), cuando un grupo olmeca llegó a esta zona del valle de México y contribuyó significativamente al nacimiento de la civilización Tlatilca, se asentaron principalmente en los cerros que rodeaban al Lago de Texcoco, escogiendo este lugar debido a que tenían como algo sagrado los lugares altos.

El nombre original de Chimalpa, debió ser una palabra otomí, pero sucedió en muchas ocasiones, los mexicas lo cambiaron al náhuatl después de que dominaron a estos lugares.

En la parte superior del estandarte se encuentra una mujer trabajando en el telar de cintura, en la parte izquierda está la imagen del Jefe Supremo portando el penacho o "Chimal", del lado derecho dos brazos entrelazados que simbolizan a la religión católica, a San Francisco de Asís y a Cristo crucificado.

1927 inicia la guerra cristera conflicto entre el gobierno y católicos cuando, el gobierno quiso cerrar la iglesia los civiles armados con palos y piedras, llegaron hasta la iglesia dispuestos a combatir.militares y cristeros eran terriblemente torturados a los quien estuviera en contra de la iglesia, los suspendían de los pulgares hasta que se le descoyuntaron los dedos, los azotaban sin misericordia, le destrozaron la boca y los dientes con piedras y palos, les cortaban las plantas de los pies y de las palmas de las manos con una navaja, brotando su sangre con la que escribió en el cemento: "Viva Cristo Rey.

1929 terminó la rebelión y permitió la apertura de la iglesia quedando seriamente dañada Para mayor información visita la págise na oficial de Chimalpa.