[4] Sin embargo, pronto se mudó a España para unirse al Badajoz de la Segunda División española, que estaba dirigido por el inglés Colin Addison.
[9] Luego se mudó al Brighton & Hove Albion donde hizo más de 150 apariciones durante sus cinco temporadas en el club, logrando tres ascensos.
[32] Su reclutamiento de verano se centró en fichar a jugadores experimentados que previamente habían ganado el ascenso, y lo logró al fichar a Alan McCormack, James Collins y Marek Štěch.
[35] Una semana después, aseguraron un segundo puesto en la tabla con una victoria en casa por 3-1 sobre Forest Green Rovers.
[36] Jones continuó llevando a Luton en una trayectoria ascendente durante la temporada 2018-19, lo que llevó al club al segundo lugar en la League One en enero de 2019 con la mayor cantidad de goles marcados.
El 9 de enero, el club anunció que le había dado permiso a Jones para hablar con Stoke City.
[39] Jones ganó tres partidos de los 21 restantes en 2018-19 y Stoke terminó en la 16.ª posición.
[40] Durante el mercado de verano, Jones incorporó a diez nuevos jugadores para construir su propio equipo.
[41] El Stoke tuvo un mal comienzo en la temporada 2019-20 ganando solo un punto en los primeros seis partidos.
Reemplazó a Graeme Jones, quien se fue de mutuo acuerdo el mes anterior.
[50] Los resultados continuaron mejorando y el club terminó sexto clasificándose para los playoffs de ascenso.
[51] Aunque el club finalmente perdió 2-1 en el global ante el Huddersfield Town en la semifinal, Jones fue ampliamente elogiado por su gestión y fue nombrado Mejor Entrenador de la temporada 2021-22 en los premios anuales de la Championship.