[1]​ Además fue internacional con la Selección Argentina en numerosas oportunidades y llegó a consagrarse un total de 3 veces en la Copa América.

Una tribuna del estadio La Bombonera lleva su nombre y apellido en su honor.

Dicha tribuna, conocida popularmente como «La Pescia», es la ubicación permanente de la barrabrava del equipo, La 12.

En toda su carrera, jugó 365 partidos oficiales, convirtió 9 goles y consiguió salir campeón en 7 oportunidades.

Uno de ellos fue muy curioso debido a que el mismo día que Boca jugaba en Buenos Aires un partido oficial, Natalio Pescia junto a otros 10 jugadores representando al club, disputaron un partido amistoso en el Estadio Defensores del Chaco en Asunción, Paraguay, contra el Club Olimpia, el cual terminó en empate por 3:3.

Jamás se puso otra camiseta y siempre fue fiel a su amado club.

su estilo de juego se caracterizó por una gran agresividad en la presión al rival y su dinamismo, debido a su baja altura.

Sin embargo fue convocado nuevamente para el Campeonato Sudamericano 1946 donde hizo su debut en la selección el 19 de enero contra Bolivia, partido con victoria Argentina por 7-1.