Inicialmente activos desde 1980 hasta aproximadamente 1992, la banda tuvo varias reuniones de corta vida y una reformación definitiva en 2006.

A principios de los años 90, las tendencias melódicas de Naked Raygun se empezaron a pronunciar aún más, con fuertes influencias power pop del estilo de Buzzcocks, Stiff Little Fingers y The Jam.

En 1989, John Haggerty abandona Naked Raygun para formar Pegboy con su hermano menor Joe y Steve Saylors y Larry Damore de los Bhopal Stiffs.

El 16 de agosto de 2006 se anunció que Naked Raygun se reunirían para el festival anual punk Riot Fest, basado en Chicago.

Seguido a su reunión, Naked Raygun anunció que estaban de vuelta.