Se encuentra en la comarca natural de la Alcarria a unos 950 m s. n. m. Naharros se caracteriza por tener un clima mediterráneo continental, que se caracteriza por tener unas temperaturas extremas (altas en verano y frías en invierno) y con pocas precipitaciones.

Entre la fauna destacan: Entre la flora, cultivos de cereales, vid, girasol y olivos.

A pesar de que la población es pequeña, el número de personas aumenta en verano llegando a alcanzar las 300 personas.

Se cree que un pueblo celtíbero se estableció en el Castro de Castillejo, cerca de Naharros, que permaneció intacto desde probablemente el siglo III a. C. hasta su invasión por los romanos en el siglo II a. C. Pero el núcleo urbano como tal probablemente es anterior al siglo VIII, por lo que pudo ser formado por poblaciones musulmanas.

Después de la Reconquista, un grupo de navarros e irlandeses católicos se establecieron en este núcleo y le pusieron el nombre de Navarros, que finalmente se convirtió en Naharros.