Fue fundado en 1901 y desde 2023 jugará en el Campeonato Brasileño de Serie C. En el fútbol, deporte en el que es más activo actualmente, el Náutico posee 24 títulos de campeón estatal, el primero en 1934 y el más reciente conquistado en 2022.
Cuando, después de terminada la revuelta de los Canudos (Revolta dos Canudos), los recifenses se preparaban para recibir las tropas pernambucanas comandadas por el general Artur Costa, una importante programación fue preparada para la recepción a los soldados.
Sus actividades, sin embargo, se limitaban a los domingos, en el campo de Santana o en la campina del Derby.
Fue fundada de esa manera la Liga Sportiva Pernambucana, a la cual el Náutico se afilió.
Después de esto, los jugadores volvieron, pero el club se mantuvo sin mucho interés hasta llegar a la fase del profesionalismo, cuando inmediatamente consiguió ser campeón, en 1934.
Cayó eliminado en esa fase de grupos en parte gracias a una derrota en la mesa ante el Deportivo Portugués, campeón venezolano, debido a un error en la interpretación en las reglas de competición de la Conmebol, que no había autorizado dos sustituciones por juego aún, regla ya estipulada por la FIFA y ya usada en Brasil por la CBD.
[5] Los jugadores, destacando a Kuki, Felipe y Capixaba, corrieron durante todo el partido.
[5][6] Parte de este logro se atribuye a los entrenadores que pasaron por el club, como Roberto Cavalo y Paulo Campos.
[5] Finalmente, Hélio dos Anjos fue contratado, levantando la moral del equipo y guiándolo hacia el ascenso.
[8] En 2008, el Náutico permaneció en la élite tras un empate sin goles con el Santos en Vila Belmiro, gracias a una destacada actuación del portero Eduardo.
[9][10] En 2009, el Náutico tuvo una temporada difícil, finalizando en el puesto 19.º de la liga, solo superando al Sport, su rival, y fue relegado a la Serie B.
[15] Posteriormente, descendió a la Serie C,[14] permaneciendo en esa categoría hasta el año 2019, cuando logró obtener el ascenso a la Serie B al vencer en una tanda de penales al equipo Paysandu de Belém.