No obstante, al ir conociéndose detalles sobre su naturaleza, se han clasificado actualmente en una clase de Cnidaria, y se cree que provendrían de animales pluricelulares muy simplificados.

En estructura y apariencia, las cápsulas polares se parecen a los cnidocitos de los cnidarios.

Por eso, muchos biólogos los consideran cnidarios que habrían simplificado su estructura como adaptación al parasitismo; de hecho se han llegado a encontrar ciertas conexiones genéticas con Polypodium, un cnidario parásito del esturión, de posición incierta.

Los taxónomos proponen ahora el subgrupo Actinosporea como una fase del ciclo de Myxosporea.

[3]​ En 2015 un estudio reveló que los mixozoos son en realidad cnidarios extremadamente reducidos en tamaños y con un genoma simplificado.