La obra más importante de su acervo es el cuadro de 1888 del artista Pedro Américo, titulado Independência ou Morte.
El arquitecto e ingeniero italiano Tommaso Gaudenzio Bezzi fue contratado en 1884 para realizar el proyecto de un monumento-edificio en el área en donde tuvo lugar el evento histórico de la independencia brasileña, aunque ya existía esta idea desde aquel episodio.
El estilo arquitectónico, ecléctico, fue basado en el de un palacio renacentista, muy rico en ornamentos y decoraciones.
En 1909, el paisajista belga Arsênio Puttemans hizo los jardines que rodean el edificio.
El acervo ha sido separado en tres líneas de investigación, a las cuales el museo se dedica: El acervo del Museo Paulista tiene su origen en una colección particular reunida por el coronel Joaquim Sertório, que en 1890, fue adquirida por el consejero Francisco de Paula Mayrink, que la donó, junto con objetos de la colección Pessanha, al Gobierno del Estado.