Fue construido en 1868 sobre los restos del palacio de Domiciano.

[1]​ Durante la década de 1930, el arqueólogo Alfonso Bartoli estableció aquí el nuevo Antiquario Palatino.

Durante la Segunda Guerra Mundial, muchos de los objetos encontrados en las excavaciones del Palatino fueron transferidos a otros museos.

El museo del Palatino se divide en dos plantas.

La planta baja, que conserva las estructuras originales de la domus preexistente, narra la historia de la colina desde los orígenes de Roma hasta la llegada del Principado (siglo I a. C.).