Aunque también se ha hallado evidencia de yacimientos aún más antiguos.
[1][2][3] El museo de sitio está ubicado en un pequeño terreno en la calle Antonio Costas y César Villacrés, barrio San Vicente, sector La Florida al noroeste de Quito,[2] entre las quebradas La Pulida y San Juan.
El significativo crecimiento urbano de la ciudad tiene como resultado que varios vestigios arqueológicos y posibles áreas de excavación se encuentran bajo las casas del sector.
[4] Los primeros indicios arqueológicos del sector datan de 1909 cuando el político, historiador y arqueólogo ecuatoriano Jacinto Jijón y Caamaño examinó restos de ollas y tinajas con pintura negativa provenientes del sitio asignándole a esta cultura arqueológica el nombre de «Chaupicruz».
[1][7] El número de tumbas descubiertas en el lugar del museo y en los sitios aledaños ha aumentado gracias a las posteriores excavaciones de María del Carmen Molestina y María Soledad Solórzano[1][7] entre otros.