El proceso de restauración se llevó a cabo dentro del convento.

El convento sufrió serios daños en la iglesia, el Claustro de las Oficinas, y el campanario, mientras que el muro del Claustro del Noviciado se desplomó hacia el exterior.

Lo primero que se hizo, fue el levantamiento de un minucioso inventario de todas las piezas que podrían considerarse como patrimonio cultural, por su antigüedad, valor artístico, valor documental, importancia histórica y otras características.

En este tiempo, se fueron restaurando las piezas que sin lugar a dudas serían parte de la exhibición permanente del futuro museo.

Este Museo es además un Museo Vivo, pues ambientes como la iglesia, el Coro Bajo, la Sala capitular y el Cuarto de las Campanas siguen con el mismo uso para el cual fueron construidos hace más de 3 siglos.

Tal vez el primero de los cuadros en salir de Santa Teresa para ser expuesto, antes de que parte del Monasterio se abra como Museo, fue “La Virgen con el Niño”, que se exhibió en una muestra privada en la Nunciatura Apostólica de Lima, en el año 1982, para ser admirado por el Papa Juan Pablo II, en la primera visita que San Juan Pablo hizo al Perú.

Estudiado por el Historiador del Arte Jonathan Brown, y publicado en España en el libro “Identidades compartidas en el mundo hispánico”, en 2011.

·        Pintura sobre lienzo “Triunfo de David”: Publicado en Brasil (2013) y Portugal (2015) en los libros “Sacrae Imagines” y Cantate Dominum”, escritos por la Historiadora del Arte portuguesa Dra.

Publicada en 2010 en Lima en el libro “Patrocinio Monarquía y Poder: el glorioso patriarca señor san Joseph en el Perú virreinal”, de la Historiadora Irma Barriga Calle, del Instituto Riva Agüero de Lima.