En 1929 se utilizó al servicio de las familias, que pertenecían a la oficialidad y tropa.
En el año 1958 fue reconocido como museo, inició con la colección de la exposición que se encontraba en el ex templo de san José, que incluían piezas coloniales y mayas.
Cuenta con piezas de distintas zonas arquitectónicas mayas como: Petén norte, Chenes y Puuc.
En la plaza Calakmul destaca el ajuar funerario procedente de la Estructura VII.
El museo cuenta con distintas salas, las dos plantas con forma pentagonal irregular.