Desde su creación el museo es administrado por el Servicio Nacional del Patrimonio Cultural (SNPC).

El museo actualmente se ubica en la casa residencia de Mauricio Braun y Josefina Menendez, construido en 1903.

Tras su fundación en 1982, las colecciones pertenecientes al Museo de la Patagonia (fundado en 1969) son trasladadas a la casona, convirtiéndose en el Museo Regional de Magallanes, que es hoy un permanente homenaje a su abuelo, José María Menéndez Menéndez, y a su tío Mauricio Braun.

Actualmente el museo posee tres secciones con exhibiciones: Época, Historia y Zócalo.

En la primera se presenta mobiliario europeo con estilos desde el neoclásico hasta el Art Nouveau.