El museo, fue creado oficialmente en 1937 por iniciativa de Gustavo Capanema Ministro de Educación, fue inaugurado en 1938 por el Presidente Getúlio Vargas.

Al crearse el museo en 1937, no solo adoptó la colección de la Escuela Nacional, sino que ocupó su edificio, un edificio construido en 1908 en un estilo ecléctico de acuerdo a un proyecto del arquitecto español Adolfo Morales de los Ríos.

La colección incluye más de 20,000 obras, entre pinturas, esculturas, dibujos y láminas, de artistas brasileros e internacionales, abarcando desde la Alta Edad Media hasta arte contemporáneo.

La biblioteca del museo posee una colección de unos 19,000 libros.

En 1973 el edificio fue designado parte del patrimonio nacional de Brasil.