El museo está distribuido en tres plantas, tanto para la colección permanente, como para exposiciones temporales.

El museo está ubicado en la llamada Casa de la Tercia, en pleno casco histórico.

En el año 1841, tras la Desamortización de Mendizábal, se suprimen las rentas eclesiásticas y el edificio pasó a ser propiedad privada.

En el año 2010 se realizó una importante remodelación para ampliar el museo y cubrir las tres plantas del edificio, dicha reforma terminó en febrero de 2011.

[1]​ La mayoría de las colecciones del museo están dedicadas a la cultura íbera y romana, ya que la mayoría de los yacimientos encontrados en el término municipal de Baena pertenecen a estas culturas y los objetos se han trasladado al museo (véase Torreparedones, Cerro del Minguillar, etc.); aun así, también pueden encontrarse objetos visigodos y cristianos de épocas posteriores muy relevantes.