Su buena acogida derivó en la creación oficial del Museo Histórico Municipal de San Fernando, donde se expusieron desde 1988 varias pequeñas colecciones compuestas por restos arqueológicos donados por particulares y por el propio ayuntamiento.En 1991 Telefónica cavó una zanja en los alrededores del castillo y en esta se descubrieron numerosos restos arqueológicos.Sin embargo, en 2016 el Museo Histórico Municipal cerró sus puertas para trasladar todos sus materiales y objetos de exposición al Castillo de San Romualdo, donde se pretendía crear la nueva sede del museo.Tanto la titularidad como la gestión del Museo Histórico Municipal recaen en el ayuntamiento de San Fernando.En esta sala se encuentran objetos relacionados con la Prehistoria, situándolos en su contexto en Cádiz, más concretamente en San Fernando.En 1997 se encontraron en la Avenida Pery Junquera diversos fragmentos de ánforas de tipo Carmona que fueron creadas entre el siglo III a. C. y la primera mitad del siglo I a. C.[8] Sala V: La Isla medieval, moderna y contemporánea.
Ánforas púnico-turdetanas de Torre Alta, expuestas en el museo.
Restauración de la Casa Lazaga, cuyo archivo se expone en el museo.