Este museo, elevado a esa categoría en julio del 2013, guarda muchos objetos arqueológicos de las tribus que se asentaron sobre los valles del río Huayabamba, Pachicilla y Jelache.
La colección está compuesta de hachas de piedra, boleadores líticos, falos, restos de cerámica precolombino, pedernales, cabezas clavas, morteros líticos, batanes líticos, maquetas líticas y réplicas de los tambos del Gran Pajatén y Los Pinchudos; además de restos fósiles, objetos etnohistóricos y restos con imágenes religiosos coloniales de los desaparecidos pueblos del Valle, Pajatén y Ochanache.
También posee documentos importantes que redactaron sus primeras autoridades cuando fue elevado a distrito en 1853, además de un pequeño espacio donde se muestra un jardín botánico etnohistórico donde se cultiva ayahuasca, uña de gato, bombonaje, etc.
El museo cuenta con tres espacios, en la primera sala se exhibe fotos de recursos turísticos y artísticas, así como también se exhibe artesanía local; en la segunda sala se exhibe restos fósiles de especies marinas prehistóricas como amonites, además de maderas, mostrando también el molar de un primitivo mastodonte.
En la tercera sala se muestra esculturas que representan a las etnias amazónicas de los hibitos y cholones y a la cultura Chachapoyas del Gran Pajaten.